अर्जेटीना की राष्ट्रीय टीम के साथ हालांकि एक दशक गुजारने के बावजूद मेसी अब तक अपने देश को कोई अंतर्राष्ट्रीय सफलता नहीं दिला सके हैं।
इस लिहाज से अर्जेटीना के साथ उनके 10 वर्ष के इस कार्यकाल को किसी भी तरह से सफल नहीं कहा जा सकता।
अगस्त 2005 में हंगरी के खिलाफ मैच में स्थानापन्न खिलाड़ी के तौर पर मैदान पर उतरे मेसी को अपने पदार्पण मैच में रेड कार्ड दिखाकर बाहर कर दिया गया था।
मेसी तब से अर्जेटीना के साथ एक दशक पूरा कर चुके हैं हालांकि अर्जेटीनी युवा टीम के लिए उन्होंने जो सफलताएं हासिल कीं सीनियर टीम में उसे अब तक दोहरा नहीं सके हैं।
मेसी ने अर्जेटीना की अंडर-20 टीम के लिए विश्व कप-2005 खिताब जीता और उनके नेतृत्व में अर्जेटीना की अंडर-23 टीम बीजिंग विश्व कप चैम्पियन रही।
फीफा विश्व कप-2006 में उन्होंने राष्ट्रीय टीम के लिए तीन मैच खेले और एक गोल किया। हालांकि जर्मनी के खिलाफ न खिलाए जाने पर वह खासे नाराज भी हुए।
अर्जेटीना के साथ मेसी की सफलता मैनेजर एल्फियो बासिलो के अधीन शुरू हुआ, जब अर्जेटीनी टीम कोपा अमेरिका-2007 के फाइनल में पहुंची। हालांकि अर्जेटीना को फाइनल में ब्राजील से 0-3 से हार मिली। मेसी ने टूर्नामेंट में दो गोल किए।
मेसी ने दिग्गज डिएगो माराडोना के मार्गदर्शन में फीफा विश्व कप-2010 में राष्ट्रीय टीम का नेतृत्व किया। मेसी ने टूर्नामेंट में खेले पांचों मैच में हिस्सा लिया, हालांकि वह एक भी गोल नहीं कर सके और अर्जेटीना क्वार्टर फाइनल मुकाबले में जर्मनी के हाथों 0-4 से हारकर बाहर हो गई।
मेसी के साथ अर्जेटीना यू-23 टीम को बीजिंग ओलम्पिक खिताब दिलाने वाले सर्जियो चेको बास्टिया को कोपा अमेरिका कप से पहले टीम का नया मैनेजर नियुक्त किया गया।
मेसी हालांकि इस बार भी टूर्नामेंट में पूरी तरह असफल रहे और क्वार्टर फाइनल में उरुग्वे से पेनाल्टी शूटआउट में हारकर टीम बाहर हो गई।
पिछले वर्ष ब्राजील में हुए फीफा विश्व कप-2014 में अर्जेटीनी टीम मेसी के नेतृत्व में कहीं दमदार नजर आ रही थी और अर्जेटीना के लिए करियर के सर्वश्रेष्ठ फॉर्म में नजर आए मेसी टीम को फाइनल तक ले जाने में भी सफल रहे।
फाइनल में हालांकि अर्जेटीना को एकबार फिर जर्मनी के हाथों 0-1 से हार झेलनी पड़ी।
कोपा अमेरिका-2015 में भी अर्जेटीना फाइनल तक पहुंचने में सफल रहा, लेकिन चिली ने उन्हें चौंकाऊ मात दी और अर्जेटीना के लिए कोई अंतर्राष्ट्रीय खिताब जीतने का मेसी का सपना यहां भी अधूरा रह गया।
मेसी को उनके चाहने वाले फुटबाल इतिहास के कुछ चुनिंदा सितारों में मानते हैं, हालांकि एक अदद विश्व कप उन्हें पेले, माराडोना और जिदान की श्रेणी से अब तक दूर रखे हुए है।